Ähnlich wie in C&C Generals, wo es die Kommandofähigkeiten für jede Partei gab, existieren in C&C Tiberium Wars auch spezielle Fähigkeiten für jede der drei Parteien.

Dabei besitzt jede Partei ihre einzigartigen Spezialfähigkeiten, die ein Spieler auf seine individuelle Spielweise anpassen kann.

Radarstörung:

Mit Hilfe der Radarstörung kann man das Radar des Gegners für kurze Zeit deaktivieren, um so einen Überraschungsangriff zu starten oder anderweitige Überraschungen auszuführen. 

Streuminen:

Streuminen, die wenn ein Gegner auf sie tritt explodieren und immensen Schaden bei ihm anrichten, werden von einem Flugzeug im Zielgebiet abgeworfen (Vergleich China aus C&C Generals). 

Köder:
Mit Hilfe der "Köder" Fähigkeit werden bis zu vier Kopien von den eigenen Einheiten erstellt, wahlweise von Infanterie oder Fahrzeugen. Zwar sind diese Klone nicht so stark wie ihre Originale, dafür wird der Gegner verwirrt, weil er nicht weiß, welche Einheiten die echten sind und so von einer rieisgen Armee attackiert wird.

Red Shadow Einsatztruppe:
Zwei Veteranen Einheiten der Red Shadow-Truppe werden im Zielgebiet eingeflogen.

Tarnfeld:

Durch das Tarnfeld werden die Einheiten, die sich im Wirkungsfeld des Tarnfeldes befinden, dauerhaft unischtbar und könen nur durch spezielle Fähigkeiten/Upgrades bei Einheiten der GDI wieder enttarnt werden.

Katalysator Rakete: 

Durch die Katalysator Rakete, die auf Tiberiumfelder abgeschossen wird, wird eine schnellere Verbreitung des Tiberiums erzielt.

Tiberium sähen:

Durch diese spzielle Rakete, die eine bestimmte chemische Subastanz enthält, die Tiberium sprießen lässt und an jeden beliebigen Ort abgefeuert werden kann, wächst ein neues Tiberiumfeld heran.

Benzinbombe:
Eine Benzinbombe, die enormen Schaden an Einheiten und Gebäude anrichtet, wird durch ein Flugzeug an jedem beliebigen Punkt des Schlachtfeldes abgeworfen (Vergleich Benzinbombe der USA aus C&C Generals).

Atomrakete:

Durch die Superwaffe von NOD, der Atombombe, ist NOD in der Lage, eine halbe Basis des Gegners allein durch die Explosion der Bombe in Schutt und Asche zu legen und zudem das Zielgebiet für eine kurze Zeit zu bestrahlen, so dass alle Einheiten, die sich in besagtem Gebiet aufhalten, kontinuierlich an Lebenspunkte verlieren.